A FAE oferece atualmente nove cursos de graduação e quatro cursos de pós-graduação, nas áreas de Ciências Humanas, Ciências Exatas e Ciências Biológicas.
Pioneira em São João da Boa Vista e região nos cursos de Administração de Empresas, Ciências Contábeis e Ciências Econômicas.
Foram incorporados mais seis novos cursos de graduação em 1999 e 2000, ou seja, Educação Física, Jornalismo, Informática - Sistemas de Informação, Publicidade e Propaganda, Psicologia e Fisioterapia.
Todos os cursos contam com uma moderna infra-estrutura, para que os alunos tenham uma boa formação e estejam preparados para o mercado de trabalho

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